W ramach realizowanego w Ełku latach 1995 -1997 Projektu Pilotażowego Krajowego Programu Działań na rzecz Ochrony Środowiska opracowany został "Program działań na rzecz ochrony środowiska w zakresie poprawy stanu czystości wód Jeziora Ełckiego i rzeki Ełk.


Program ten jest od 1997 r. wdrażany do realizacji przez władze Miasta Ełk.
 
Jego głównym założeniem jest rekultywacja Jeziora Ełckiego mająca doprowadzić wody jeziora do II klasy czystości a więc zdatne do rekreacyjnego wykorzystania dla ludności.
 
W roku 1998 został rozstrzygnięty przetarg na wykonanie instalacji i urządzeń do rekultywacji wód północnego basenu Jeziora Ełckiego. Wyłonionym wykonawcą została firma "EKO-TECH" z Warszawy, która ma doświadczenia w tej dziedzinie z realizacji rekultywacji kilku jezior w Wielkopolsce.
 
Metoda rekultywacji polega na napowietrzaniu wód jeziora za pomocą 2 urządzeń o nazwie STRATIFLOX długości 20 m, zanurzonych w najgłębszych stanowiskach północnego basenu jeziora, przy jednoczesnym dozowaniu do wody substancji chemicznej (soli żelaza), która powoduje dezaktywację związków fosforu zawartych w wodzie.
 
Aby ograniczyć dopływ związków biogennych do Jez. Ełckiego z Jeziora Sunowo i Gospodarstwa Rybackiego, w rejonie dopływu do północnego basenu zainstalowano struktury BIO-HYDRO, na powierzchni których rozwijają się glony poroślowe spełniające rolę filtra biologicznego.
 
Zakończenie budowy instalacji i jej rozruch eksploatacyjny nastąpił w czerwcu 1999r. Przewidywany okres rekultywacji północnego basenu jeziora określa się na około 5 lat, jednak może on ulec zmianie w zależności od uzyskiwanych efektów. Po zakończeniu rekultywacji basenu północnego, przewiduje się kolejno rekultywację basenu środkowego oraz zachodniego.
 
Równolegle do tych działań prowadzone są prace nad odcięciem niekontrolowanego dopływu ścieków sanitarnych do jeziora poprzez rozbudowę sieci kanalizacji sanitarnej wzdłuż brzegów jeziora, co jest m.in. jednym z warunków powodzenia procesu rekultywacji. 
 
Systematycznie też od kilku już lat instalowane są na ujściach kolektorów burzowych do rzeki i Jeziora Ełckiego tzw. separatory. Są to urządzenia wyłapujące z wód deszczowych tłuszcze oraz osad nierozpuszczalny w wodzie. Obecnie nad rzeką funkcjonuje już 7 takich urządzeń, a nad jeziorem 5. W trakcie budowy jest jedno nad północnym brzegiem basenu jeziora. 
 
W 2003 roku zespół specjalistów przeprowadził badania, które oceniły skutki ekologicznych rekultywacji plosa północnego Jeziora Ełckiego metodą ograniczenia dopływów fosforu z głębinowych osadów dennych i z Jeziora Sunowo. Analiza czynników fizyko-chemicznych charakteryzujących siedlisko pelagialu Jeziora Ełckiego wskazuje na pozytywne zmiany, jakie zaszły w napowietrzanym plosie.