W Ełku funkcjonują cztery uczelnie. Są to zazwyczaj filie lub ośrodki uczelni z innych miast. Kształci się w nich około 2 tys. studentów na kierunkach stacjonarnych i w trybie zaocznym.

Tradycje akademickie Ełku sięgają jednak końca XVI w. W Ełku - stolicy Mazur utworzona została wówczas Szkoła Prowincjonalna, będąca filią Uniwersytetu Królewieckiego.

Najstarszą Ełcką uczelnią jest Wyższe Seminarium Duchowne w Ełku, które swoją działalność zainaugurowało po raz pierwszy 16 lat temu. W bieżącym roku akademickim studia rozpoczęło w niej 10 alumnów przygotowujących się do kapłaństwa. Rektorem WSD jest dr Wojciech Kalinowski.

Największą ełcką uczelnią jest Filia Wyższej Szkoły Finansów i Zarządzania w Białymstoku. Mieści się ona przy ul. Grunwaldzkiej nad Jeziorem Ełckim. Jest to uczelnia prywatna, która kształci studentów w systemie dziennym i zaocznym.

Rektor WSFiZ prof. dr Edward Hościłowicz w trakcie inauguracji roku akademickiego 2008/2009 odznaczył Prezydenta Ełku okolicznościowym medalem z okazji jubileuszu 10-lecia Filii i przekazał podziękowania samorządowi miasta za współpracę oraz partnerskie relacje w rozwoju uczelni.

Centrum Studiów Bałtyckich Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego zainaugurowało rok akademicki z udziałem nowych władz. Rektorem tej uczelni został prof. dr hab. Józef Górniewicz, pełniący wcześniej funkcję prorektora. Centrum Studiów Bałtyckich to jedyna państwowa uczelnia w Ełku kształcąca na kierunkach w systemie dziennym i zaocznym. Miasto przekazało Uniwersytetowi za symboliczną złotówkę trzy budynki pokoszarowe przy ul. Kościuszki, w których powstały sale wykładowe, aule, biblioteka i inne. 

W Ełku mieści się także Zamiejscowy Ośrodek Dydaktyczny Wyższej Szkoły Gospodarki w Bydgoszczy. Na kierunku turystyka studiuje tutaj ponad 270 osób w systemie zaocznym. Szkoła mieści się w jednym ze skrzydeł Zespołu Szkół nr 1 w Ełku.