Do lat 90-tych przyszłość Ełku upatrywano w rozbudowie przemysłu. W planach rozwojowych nie uwzględniano położenia miasta nad brzegiem jeziora i rzeki. Jezioro traktowano jako zbiornik wody i miejsce zrzutu ścieków (bezpośrednio zrzucano ścieki do 1975, nadwyżki ścieków do 1993r.). Ełk uchodził za miasto z silnym przemysłem przetwórczym, rolno-spożywczym i drzewnym. 


Po przemianach ustrojowych z 1989r. nowe samorządowe władze miasta Ełk postanowiły podporządkować rozwój miasta dążeniom jego mieszkańców zmierzających do uczynienia miasta czystym i zdrowym miejscem życia i wypoczynku turystycznego. Wiosną 1992 roku przedstawiono program "Ełk-miasto ekologiczne", którego celem było stworzenie modelowego rozwiązania zarządzania miastem i gminą opartego na idei ekorozwoju. Realizację celów rozpoczęto od przeprowadzenia inwentaryzacji elementów środowiska przyrodniczego gminy, co miało umożliwić przedstawienie zagrożeń i procesów degradacji środowiska przyrodniczego oraz stać się podstawą do przedstawienia założeń do planu przestrzennego zagospodarowania gminy, zgodnie z koncepcją ekorozwoju. Do roku 1993 sporządzono cyfrową bazę danych "Ełk", która objęła gminę i miasto Ełk i obejmowała m.in. mapy hipsometryczno-batymetryczną, geologiczno-gruntową, hydrologiczną, sieci wodno-kanalizacyjnej, burzowej, gazowej oraz ciepłowniczej. 

W dniu 9 grudnia 1994 r. władze Gminy Miasta Ełk podpisały porozumienie z Instytutem na Rzecz Ekorozwoju Społeczności Lokalnych z Vermont w USA i Instytutem na Rzecz Ekorozwoju z Warszawy w sprawie realizacji w Ełku Projektu Pilotażowego Krajowego Programu Działań na Rzecz Ochrony Środowiska.

Powołany Komitet Programowy opracował charakterystykę pięciu lokalnych problemów środowiskowych. Uwzględniając zarówno opinię społeczną jak i ekspertyzy naukowe, w oparciu o metodę porównawczej analizy ryzyka wybrano na sesji rankingowej problem priorytetowy, za który uznano: zanieczyszczenie Jeziora Ełckiego i Rzeki Ełk.

Wokół tego problemu skoncentrowały się dalsze prace Komitetu, których efektem było opracowanie "Programu działań na rzecz ochrony środowiska w zakresie poprawy stanu czystości wód Jeziora Ełckiego i Rzeki Ełk". Program ten został przyjęty do realizacji przez Radę Miasta Ełku uchwałą nr XXXIV/234/97 z dnia 14 marca 1997 roku