Tereny dzisiejszej Ziemi Ełckiej wchodziły we wczesnym średniowieczu w skład ziem tajemniczego plemienia Jaćwingów. Oni też na wyspie jeziora założyli pierwszą strażnicę. W tym samym miejscu, w latach 1398-1406, Krzyżacy wybudowali mały zamek. Miał on dobre położenie strategiczne oraz stanowił dobre zabezpieczenie okolicznej ludności osiedlającej się koło zamku, ale już w kilka lat po bitwie pod Grunwaldem został zburzony. 

Zasadźcą Ełku i pierwszym sołtysem wsi był Bartosz Bratomil. Dzięki korzystnemu położeniu Ełk rozwijał się szybko i wkrótce otrzymał prawa miejskie od wielkiego mistrza Pawła von Russdorfa. Sprawa nadania praw miejskich nie jest zupełnie jasna. Mogło to być w 1435 lub 1445 roku. Często przyjmuje się więc rok 1425, czyli datę założenia wsi. Po zakończeniu wojny 13-letniej rozpoczęło się dalsze zasiedlanie tych terenów. W 1499r. Ełk liczył około 600 osób. Pierwsza parafia powstała w 1469 r. 

Okresem największego rozwoju Ełku był XVI w. W 1536 r. do Ełku przybył Jan z Sącza, który przyjął nazwisko Małecki. Wydawał on książki w języku polskim. W 1599 r. istniejąca szkoła w Ełku została szkołą książęcą. w latach 1547-51 odbudowano kościół parafialny pod wezwaniem św. Katarzyny. W tym samym czasie powstał również szpital. Podstawą dalszego rozwoju Ełku był przywilej księcia Albrechta z roku 1560 ustanawiający targ tygodniowy. 

Ełk nawiedzało wiele klęsk: 1625 - zaraza, 1651 - wielki pożar, 1655 - Tatarzy (znani z powieści "Potop") spalili miasto i wymordowali ludność. Podniesienie się Ełku z ruiny utrudnił wielki pożar w 1688 r. Dalsze lata były okresem wzrastającej stagnacji.

Ważniejsze wydarzenia XVIII w.:  

• 1720 - założenie szkoły miejskiej
• 1754 - założenie pierwszej apteki 
  

W 1800 r. powstało polskie seminarium nauczycielskie, którego organizatorem i kierownikiem był arcyprezbiter ełcki - Tymoteusz Gizewiusz, doskonały znawca j.polskiego. 

Pierwsza połowa XIX w. przyniosła kolejne tragedie. Pożary spowodowały, że Ełk robi wrażenie miasta XIX wiecznego .Nie ma tu żadnego wcześniejszego zabytku . W roku 1868 nastąpiło otwarcie linii kolejowej Ełk - Królewiec. Lata I Wojny światowej przyniosły miastu kolejne klęski. Miasto znalazło się na linii frontu. Trzykrotnie dostawało się w ręce Rosjan. Na skutek bombardowań zniszczone zostało całe śródmieście. 

W okresie międzywojennym Ełk przeżył okres rozwoju gospodarczego. Z tego okresu pochodzi jego śródmieście. 

Dalszy rozwój przypadł na lata powojenne. Miasto zasiedlone zostało szybko głównie przez przybyszów z niedalekich okolic. Znaczący udział w rozwoju miasta mieli i mają dotychczas, byli mieszkańcy kresów z Grodzieńszczyzny i Wileńszczyzny. W 1992 roku Ełk stał się siedzibą Diecezji. Dzięki temu odzyskał swoją historyczną rolę Duchowej Stolicy Mazur.